血栓是动静脉内瘘最常见的并发症，根据形成时间分为早期血栓和晚期血栓。早期血栓与吻合的血管直径较细，吻合过程中血管内膜过度内翻有关，保证吻合口直径不小于4-8mm是防止动静脉内瘘早期血栓的关键。此外，低血压、糖尿病、高龄等也是血栓形成的高危因素。晚期血栓大部分是由于反复穿刺损伤血管内皮，导致血小板、纤维素等附着于管壁，血管内壁增生，血管狭窄，最终导致血栓的形成，部分患者在透析后过度压迫止血易形成血栓。
一旦形成血栓应及时处理。临床常用方法有导管取栓、手术切开取栓、溶栓治疗、内瘘重建等方法。其中手术切开取栓疗效最确切。对于已经机化的血栓，需在原内瘘近心端进行内瘘重建。
对于血栓形成可以适当采取方法减少其发生。比如术前做好术侧血管的保护，术中避免血管内膜的损伤，术后避免压迫伤口。对于高凝状态患者可与皮下注射低分子量肝素。避免过度超滤和低血压，及时纠正血容量不足。对于内瘘附近的感染要及时处理，必要时停止使用内瘘。
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